Michael Werner wurde 1981 in Olmütz in der damaligen Tschechoslowakei geboren. Seine Eltern waren beide Berufsmusiker, seine Mutter Opernsängerin, sein Vater Solo-Pauker der mährischen Philharmonie. Im Alter von acht Jahren floh er mit seiner Familie vor dem Kommunismus nach Deutschland.
Mit zehn Jahren begann Michael Werner seine musikalische Ausbildung am Klavier und am Schlagwerk.
1999 nahm er sein Musikstudium am Richard-Strauß-Konservatorium und an der Musikhochschule Augsburg mit Hauptfach Schlagwerk und Nebenfach Klavier auf.
Ab 2008 setzte er seine musikalische Ausbildung mit dem Studium Dirigieren mit Schwerpunkt Blasorchesterleitung bei Prof. Maurice Hamers an der Musikhochschule Augsburg fort und beendete dieses 2013 mit einem Masterstudium im selben Fach bei Hermann Pallhuber in Stuttgart.
Als Schlagzeuger war er bisher bei folgenden Orchestern tätig: Symphonieorchester des Bayrischen Rundfunks, Stadttheater Augsburg, Stadttheater Würzburg, Nürnberger Symphoniker, Neue schwäbische Symphonie Kirchheim.
Neben der Echinger Blaskapelle leitet Michael Werner auch das Blasorchester Kirchheim in Schwaben sowie die Musikkapelle Mark Erkheim. Mit letzter wurde er bayerischer Meister sowie Vizemeister in der Oberstufe.